Mac OS Xのアプリケーションファイルは通常「アプリケーション」フォルダに置かれているが、デスクトップなどに置く人もいる。 各アプリは、そのファイルをゴミ箱へ捨てるだけで削除できる。 Windowsのようなアンインストールは存在しない。 Dockにアイコンを置いている場合は、Dockの外にアイコンをドロップしてアイコンを削除する。
また、アプリケーションによっては設定ファイルやログなどを独自のフォルダに保存している場合がある。 たいていMacintosh HDの「ユーザ」→「（ユーザ名）」以下のフォルダにある。 （ユーザ名）は自分が設定した名前である。 例えば2chビューアのV2Cでは、Macintosh HDの「ユーザ」→「（ユーザ名）」→「ライブラリ」→「Application Support」→「V2C」にある。 必要ない場合は削除してよい。
ちなみにアプリのファイルの拡張子は通常 .app だが、デフォルトでは表示されておらず、 拡張子の設定 で表示できる。